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Une théorie du complot jésuite est une théorie du complot accusant, le plus souvent de domination mondiale, l'ordre catholique des jésuites.
En 1614, un ouvrage diffamatoire et faux, les Monita secreta accuse les jésuites de recevoir des instructions secrètes de leurs supérieurs.
En 1679, Titus Oates rédigea un pamphlet anticatholique accusant les jésuites: An Exact Discovery of the Mystery of Iniquity as it is now in Practice amongst the Jesuits.
Nicolas de Bonneville, initié à la franc-maçonnerie en 1786 lors d’un séjour en Angleterre, produit un ouvrage sur la question, Les Jésuites chassés de la maçonnerie, et leur poignard brisé par les maçons en 1788 où il accuse les Jésuites d’avoir introduit dans la franc-maçonnerie, la vie et la mort des Templiers, la doctrine de la vengeance pour le crime politique et religieux de leur destruction dans les degrés symboliques et les quatre vœux de leur congrégation dans les degrés supérieurs.
En 1826 François Dominique de Reynaud de Montlosier publie Mémoire à consulter sur un système religieux et politique, tendant à renverser la religion, la société et le trône, un ouvrage décrivant une théorie du complot jésuite et s'attaquant à l'ultramontanisme. En 1896, la sœur M. F. Cusack publie le pape noir. En 1886, Robert Montagu publie Recent Events and a Clue to Their Solution.
On a soupçonné les jésuites d'être responsables du naufrage du Titanic, par l'intermédiaire de son capitaine Edward Smith, arguant du fait qu'un des passagers débarqués avant la collision était le père Francis Browne,,.
Durant les années 1930, le régime nazi utilisa différentes théories du complot contre les jésuites, dans le but de réduire leur influence, car ils dirigeaient des écoles secondaires et des associations de jeunesse. Un pamphlet propagandiste, Der Jesuit – Der vaterlandslose Dunkelmann, par un certain Hubert Hermanns, dénonça les jésuites comme un "pouvoir obscur" et d'avoir de "mystérieuses intentions". Les jésuites furent déclarés "vermine publique" et persécutés, parfois assassinés.
En 1988, Malachi Martin publie un ouvrage décrivant les coulisses de la compagnie de Jésus.
Jack Chick a publié les théories complotistes d'Alberto Rivera, se présentant comme un jésuite défroqué, avant de devenir un fondamentaliste protestant.
Le théoricien du complot Eric Jon Phelps dans son livre Vatican Assassins dénonce le "pape noir" soit le Supérieur général de la Compagnie de Jésus, selon lui responsable de nombreux complots aux États-Unis et dans le monde.
En 1960, le jésuite apostat devenu communiste Alighiero Tondi publie "la puissance secrète des jésuites".
Selon Anatoli Fomenko, l'histoire antique ne serait qu'une vaste invention des Jésuites au XVIIe et au XVIIIe siècle, d'oú sa théorie de nouvelle chronologie.
En 2013, l'élection du Pape François, jésuite, a donné un nouvel élan à ces théories.