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Anton Weichselbaum (Langenlois, 8 febbraio 1845 – Schiltern, 23 ottobre 1920) è stato un patologo e batteriologo austriaco.
Weichselbaum è stato tra i primi scienziati a riconoscere l'importanza della batteriologia nel campo della anatomia patologica.
Nel 1869 conseguì il dottorato in medicina a Vienna, e successivamente iniziò a lavorare come assistente del patologo anatomista Josef Engel (1816-1899). Nel 1885 venne nominato professore associato di istologia patologica e batteriologia e tra il 1893 e il 1916 ricoprì la carica di direttore dell'istituto di anatomia patologica presso l'Università di Vienna, ove ebbe come allievo, fra gli altri, il medico italiano Ferdinando Micheli. Nel 1912 ne divenne rettore. Il suo successore fu Alexander Kolisko.
Alcuni dei suoi assistenti più noti erano il sierologo Karl Landsteiner (1868-1943), il batteriologo Ghon Anton (1866-1936) e il dermatologo Josef Kyrle (1880-1926).
Nel 1887 fu il primo a isolare l'agente eziologico della meningite, il batterio Neisseria meningitidis. Condusse importanti ricerche sulla tubercolosi. Fornì, inoltre, la prima descrizione completa dell'erosione ossea locale nei casi di artrite.
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