Ederson je 2008. počeo igrati za lokalni klub São Paulo. Iduće godine prelazi u Benficu koja ga je 2011., nakon dvije godine otpustila. Nakon Benfice, Ederson je igrao za portugalski drugoligaški klub Ribeirão. Iduće godine potpisao je dvogodišnji ugovor s prvoligaškim klubom Rio Ave.
Benfica
Ederson je 27. lipnja 2015. ponovno postao igračem Benfice. U sezoni 2015./16. bio je zamjenski vratar sunarodnjaku Júliju Césaru. Ederson je prvotno igrao u drugoj ligi za rezervnu momčad i u natjecanju Taça da Liga za prvu momčad. U prvoj ligi je debitirao protiv Sportinga 5. ožujka 2016. kada je zamijenio ozlijeđenog Júlija Césara. Sporting je izgubio utakmicu 0:1. S Benficom je dvaput osvojio ligu te jednom natjecanja Taça da Liga i Taça de Portugal.
Manchester City
Dana 1. lipnja 2017. objavljeno je da je Ederson prešao u Manchester City za iznos od 40 milijuna eura. Time je Edersonov transfer postao drugi najskuplji transfer nekog vratara u povijesti (prvi je bio transfer Gianluigija Buffona za 52 milijuna eura u 2001.). Iznos Edersonovog transfera bio je jednak Benficinom rekordnom izlaznom transferu koji je ostvaren 2012. kada je Axel Witsel prešao u Zenit.
Ederson je odmah postao prvi vratar Manchester Cityja. Za novi klub debitirao je 12. kolovoza 2017. kada je Brighton & Hove Albion izgubio 0:2 u Premier ligi. Dana 19. kolovoza 2018. Ederson je postao prvi vratar u klupskoj povijesti koji je ostvario asistenciju u Premier ligi. Tada je asistirao Sergiju Agüeru za prvi gol na utakmici protiv Huddersfield Towna kojeg je Manchester City dobio 6:1. Ederson je sa 16 utakmica bez primljenog gola u sezoni 2019./20. osvojio Zlatnu rukavicu za tu sezonu Premier lige. Tu nagradu je osvojio i u naredne dvije sezone.