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La profanation des tombes royales de la basilique Saint-Denis est un épisode de la Révolution française au cours duquel les tombeaux de la nécropole royale de la basilique de Saint-Denis, ont été démontés ou détruits. Approuvées par la Convention nationale en , les exhumations prennent fin en .
Après la chute de la monarchie constitutionnelle lors de la journée du 10 août 1792, le gouvernement provisoire ordonne la fonte des monuments en bronze, argent ou métaux divers pour en faire notamment des balles patriotes. Quarante-sept tombeaux de la basilique sont démontés à cet effet, comme celui de Charles VIII en bronze doré et en émail. Certains sont préservés à la demande de la commission des Beaux Arts de la Convention nationale. Cette même Convention ordonne en 1793 la destruction des insignes de la féodalité et des tombeaux nobles ou princiers dans tous les édifices de la République.
La proposition décidant du sort des tombeaux et des corps royaux de Saint-Denis est faite au cours de la Terreur lors de la séance du de la Convention nationale, par Barère, pour fêter la prise des Tuileries du 10 août 1792 et s'attaquer aux « cendres impures » des tyrans sous prétexte de récupérer le plomb des cercueils. La Convention nationale, après avoir entendu le rapport de son Comité de salut public, fait savoir par son deuxième décret du que : « Les tombeaux et mausolées des ci-devant rois, élevés dans l'église de Saint-Denis, dans les temples et autres lieux, dans toute l'étendue de la république, seront détruits le 10 août prochain ».
Dom Germain Poirier, savant bénédictin de la congrégation de Saint-Maur, adjoint à la Commission conservatrice des Monuments et archiviste à l'abbaye de Saint-Germain-des-Prés puis à l'abbaye Saint-Denis, est nommé commissaire chargé d'assister à l'exhumation, alors que Meigné est le commissaire qui supervise ces travaux. Le mois d'août doit être consacré à pratiquer l'exhumation des corps à la demande officielle du citoyen Meignié, commissaire pour l'Administration centrale de la fabrication extraordinaire des armes. Une décision inappliquée jusqu'au mois d'octobre puisqu'un conventionnel, Joseph Lequinio, dénonce son inapplication le . Si l'exhumation est retardée, du 6 au les monuments funéraires (les 51 sépultures, les statues, gisants, colonnes, autels, vitraux, etc.) sont démontés (toujours à la demande de la commission des Beaux Arts qui les fait transférer au Musée des monuments français) ou détruits, leurs débris jonchant le sol.
Dom Poirier a été le principal témoin oculaire de l'exhumation des corps et des organes et de la profanation des tombeaux royaux. Il demeure dans la basilique du 12 au , jour et nuit, rédige plusieurs rapports synthétiques pour la Commission des Monuments et en 1796 un journal autographe qui a brûlé, Rapport sur l'exhumation des corps royaux à Saint-Denis en 1793, rapport repris et complété par le gardien du chartrier de l'abbaye de Saint-Denis Dom Druon. Les différents témoignages écrits ultérieurs, comme celui du futur Conservateur du Patrimoine Alexandre Lenoir, autre témoin oculaire, ou Georges d'Heylli qui restitue en 1872 ce rapport dans Les tombes royales de Saint-Denis reprennent en grande partie le récit administratif de Dom Druon.
Dom Poirier avoue n'avoir pas retrouvé certains personnages comme le cardinal de Retz (mort en 1679) ou Alphonse de Brienne. Une fois les monuments funéraires en pierre et en marbre sciés ou cassés à la masse, plusieurs corps sont retrouvés en état de putréfaction ou réduits en poussière (dont celui de Louis XV non embaumé car variolique ou de Louis XIV « noir comme de l’encre »). Parfaitement embaumé, le corps d'Henri IV, dans un bon état de conservation, est exposé aux curieux, dressé debout, durant deux jours dans la basilique. D'autres sont mutilés, certains révolutionnaires et sectionnaires n'hésitant pas à prélever ici un ongle, là des cheveux, des dents ou des os pour les conserver comme fétiches ou les revendre. Il faut néanmoins préciser que la fabrique d'onguents médicinaux à partir de momies humaines était une pratique courante depuis plusieurs siècles, et encore au XVIIIe siècle. Or les cadavres royaux sont justement des momies. Les corps de plus de 170 personnes (46 rois, 32 reines, 63 princes du sang, 10 serviteurs de France et deux douzaines d’abbés de Saint-Denis) sont ensuite jetés dans deux fosses communes (fosses carrées dites des Valois et des Bourbons, creusées à cet effet le long du parvis, l'une destinée aux Valois et aux « premières races » — c'est-à-dire les dynasties précédentes —, l'autre aux Bourbons) du cimetière des moines attenant à la basilique vers le nord. Après que des collectionneurs de curiosités furent descendus dans ces fosses pour recueillir des reliques, recouverts en partie de boisseaux de chaux vive puis de terre,, un certain Brulay, receveur des domaines de Saint-Denis en 1793, aurait dérobé quelques « reliques ». À la Restauration, sa veuve tentera en vain de les vendre au roi Louis XVIII. Vendue aux enchères, cette curieuse collection finira au musée Tavet-Delacour de Pontoise. Dans les réserves de ce musée, on trouve aujourd'hui encore ces « objets » à l'origine très douteuse : mâchoire de Dagobert, morceau de crâne et deux dents de Saint Louis, dents d’Henri III, chevelure de Philippe Auguste ou encore jambe momifiée de Catherine de Médicis.
Dom Poirier a assisté à l'exhumation, une première fois en . Notamment les tombeaux médiévaux de :
Mais, c'est lors de la deuxième vague de profanations, en , qu'ont été véritablement réalisées les exhumations. Dom Germain Poirier relate que des ouvriers, accompagnés de « commissaires à l'exhumation » (rôle de surveillants), « commissaire aux orfèvreries » (chargés de récupérer les objets en métaux précieux et de les porter à la Convention nationale) et « commissaire aux plombs » (chargés de récupérer le plomb des cercueils pour le faire fondre sur place en balles calibrées), descendent avec des lanternes et des torches de résine dans le caveau des Bourbons où reposent 54 cercueils de bois de chêne posés sur des tréteaux de fer rongés par la rouille. Des substances purifiant l'air (genièvre, vinaigre) sont disposées pour atténuer les odeurs. Puis les portes de la crypte où reposent sur plusieurs niveaux les tombes royales des Valois et leurs prédécesseurs sont enfoncées au bélier. Les exhumations auxquelles il a été procédé en sont, dans l'ordre, toujours selon le témoignage sous forme de procès-verbal de dom Poirier (on ne citera que les principaux personnages des caveaux des Bourbons puis des Valois à partir du ) :
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Les exhumations par les ouvriers étant rendues difficiles par la foule qui y assiste, le conseil municipal de Franciade décide en ce dimanche de fermer la basilique à « toutes personnes étrangères aux travaux » mais cette décision n'est pas appliquée.
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(jour de l'exécution de Marie-Antoinette à Paris) :
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Sous la Seconde Restauration, Louis XVIII fit ramener, le , les restes de ses prédécesseurs, récupérés dans les fosses après une semaine de recherche et retrouvés comme par enchantement à minuit le sous la pleine lune grâce au marbrier François-Joseph Scellier. Ces restes sont placés tous ensemble (car la chaux a empêché leur identification individuelle, excepté « trois corps retrouvés sans leurs parties supérieures » comme le notent des commissaires) dans un ossuaire de la crypte de la basilique, comportant une dizaine de coffres, scellé par des plaques de marbre sur lesquelles sont inscrits les noms des monarques. Le roi fit aussi rechercher les restes de son frère Louis XVI et de Marie-Antoinette au cimetière de la Madeleine, et les fit ré-inhumer à Saint-Denis au cours d'une fête funéraire grandiose le .
Certains corps royaux ayant été traités par le mos Teutonicus (technique funéraire d'excarnation) suivi de la dilaceratio corporis, « division du corps » en cœur, entrailles et ossements avant l'inhumation, plusieurs reliques attribuées à ces corps (notamment leurs cœurs et certains os, sans compter celles prélevées avant l'inhumation et celles dérobées pendant la profanation) furent également replacées dans le caveau des Bourbon de la basilique.